坪単価を見てみると、物件によって30万円代のものから40万円代のものまで 様々ですが、どうしてそんなに差が出るのですか？

それは恐らく施工床面積か専有面積での坪単価で差がついているのでしょう。
それらをまとめてみると

１．施工床面積とは

床のある全ての部分を算入します。

２．専有面積とは

実際に住まう面積のみです。

３．建築基準法面積

建築基準法で定められている床面積の算定方法です。

それ故、施工床面積での坪単価は専有面積での坪単価より安くなります。
ちなみに、建築会社によって本体工事費に杭工事費や外構工事費を含めない会社もあります。

あとから色々金額が増えていくと資金計画が台無しになりますので、
最初に総額でいくらくらい必要なのかを聞いておくことをお薦めします。